Çağatay Hanları aşağıdaki gibidir :
| AD | TAHT ZAMANI |
|---|---|
| Çağatay Han | 1226–1242 |
| Kara Hülagû | 1242–1246 |
| Yesü Möngke | 1246–1252 |
| Kara Hülagû (İkinci Kez) | 1252 |
| Mübarek Şah | 1252–1260 |
| Algu | 1260–1266 |
| Mübarek Şah (İkinci Kez) | 1266 |
| Gıyasettin Barak | 1266–1270 |
| Kaydu (Moğolistan'daki Moğol Hanı) Hakimiyeti (1270 ile 1301 arasında) | |
| Negübeg | 1270–1272 |
| Buga Temür | 1272–1282 |
| Yesü Duva | 1282–1307 |
| Könçek | 1306–1308 |
| Taligu | 1308–1309 |
| Kebek | 1309–1310 |
| Esen Buga | 1310–1318 |
| Kebek (İkinci Kez) | 1318–1325 |
| Elcidigi | 1325–1329 |
| Duva Temür | 1326 |
| Alaaddin Tarmaşirin | 1326-1334 |
| Alaaddin Tarmaşirin'den Sonra Tahtın Oteritesi Kalmamıştır | |
| Buzan | 1334–1335 |
| Çangşi | 1335–1338 |
| Yesün Temür | 1338–1342 |
| Ali Sultan | 1342 |
| Muhammed | 1342–1343 |
| Kazan | 1342–1343 |
| Ülke Batı ve Doğu Çağatay Hanlığı Olarak Bölünmüş ve Daha Sonra Farklı Hanlıklar Ortaya Çıkmıştır | |