Göz rengini 16 farklı genin etkilediği düşünülmektedir ancak hala kesin olarak anlaşılamamıştır. 15. kromozomda bulunan OCA2 and HERC2 genlerinin en çok etkilediği bilinmektedir. OCA2 melanin üretimiyle ilgilidir ve bu genle ilgili bir problemde Albinizim hastalığı oluşur. HERC2 'de oluşan bir mutasyon ise gözde melanin üretilmesine engel olmakta ve renkli gözlere yol açmaktadır
Göz rengi tek bir gene bağlı basit Mendel kurallarıyla işlememektedir. 16 genin etkilediği ve başka faktörlere de bağlı olduğu düşünülmektedir ve henüz tam anlamıyla çözülmüş değildir. Bu nednele kahverengi baskın, mavinin çekinik olduğu ve tek bir genin kontrol ettiği bir sistem yoktur
Mavi gözlü ana ve babadan kahverengi gözlü bir çocuk olabilir. Göz rengine 16 genin etkili olduğu (ancak başka faktörler de olabilir) tahmin edilmektedir. Mavi göz kahverengi göze neden olan pigmentlerin (renk veren madde) azlığına göre oluşmaktadır. Bu nedenle mavi göz içinde de kavherengi göz renginin oluşmasını sağlayan özellikler saklı olabilir. Tek bir genin kontrol ettiği, mavini çekinin, kahverengini baskın olduğu bir sistem bulunmamaktadır. Bu nedenle mavi gözlü iki bireyin ender olsa da kahverengi gözlü çocukları olabilmektedir
Kara gözlü olanlar aslında çok koyu kahverengi gözleri olanlardır. Gerçek siyah renk göz çok çok nadir rastlanan bir durumdur ve sadece Aniridi hastalığında gözükmektedir